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Dúvidas frequentes – Síntese de gene1 - Por que usar o gene sintético em vez da clonagem por PCR?A clonagem por PCR, o método mais comum de obtenção de genes, pode nãoser capaz de produzir um gene de qualidade suficiente. Primeiro, uma bibliotecade cDNA para um tipo específico de tecido deve ser preparada ou comprada, oque requer tempo ou despesa. Em segundo lugar, o gene deve ser abundantena biblioteca de cDNA ou será muito difícil de clonar de maneira útil. Em terceirolugar, quando a PCR é bem sucedida, seus produtos podem ter mutações oupolimorfismos de nucleotídeos únicos, o que pode causar problemas durante aexperimentação ou outras aplicações. Finalmente, com a clonagem de PCR,você se limitará às sequências de cópias que existem na natureza, e precisaráempregar métodos de mutagênese e recombinação demorados para criarconstruções personalizadas, como para genes que contém introns, reportergenes, proteínas de fusão, viés de códons, etc. A síntese de genes ofereceflexibilidade completa para projetar sua sequência, incluindo otimização decódons para melhorar os níveis de expressão proteica. Nossos fornecedoresgarantem precisão na sequência (em 100%), isentos de mutações. Se toda acadeia for computada, sintetizar genes tem preço mais econômico do que aclonagem por PCR.ComparaçãoConstruçõesCustoClonagem por PCRA construção de uma bibliotecade cDNA pode ser necessáriaEquipamento, reagentes,Oligonucleotídeos, Kits,sequenciamento.Síntese de geneFlexibilidade para criar asequência de interesseSomente com a sínteseNão considera: energia elétrica, homem-hora,tentativas/erros.Otimização decódonsTempoControle dequalidadeDifícil e desafiadorFlexível e fácilMédia E.U.A.: 9 meses30 a 40 dias úteis (FastBio)Com garantia e controle dequalidadeMutaçõesProdutos gerados podem termutaçõesSem garantiaSem mutações
2 - Qual o tempo de manufatura da síntese de gene? Qual o prazo deentrega?O tempo de manufatura irá variar de acordo com o comprimento e complexidadedo gene. Nosso prazo estimado de entrega é de 30 a 40 dias úteis, podendo seralterado de acordo com a complexidade do projeto e da quantidade de sínteses.3 - Quais vetores podem ser usados para clonar o gene de interesse?Os genes de interesse podem ser clonados em vetores-padrão, sem custoadicional. Nas tabelas abaixo temos os vetores-padrão de cada parceiro demanufatura.Vetores-padrão BiomatikpUC57-amppUC57-kanpBSK ( ) Simple-amppBSK ( ) Simple-kanpBluescript II SK ( )-ampVetores-padrão -MiniAlém destes, nós temos também um inventário bem amplo com vetores parasubclonagem. Caso o vetor de seu interesse não esteja em nosso inventário,você pode enviá-lo para FastBio e nós ficaremos encarregados de devolver seuinserto posicionado no vetor enviado. Como haverá um frete internacional, oenvio de seu vetor poderá ter um custo adicional.4 – O que vocês entregam?Nós entregamos 4 µg de plasmídeo liofilizado, sem custo adicional, emtemperatura ambiente, com o gene de interesse no vetor solicitado. Podemosentregar maiores quantidades da construção, com custo a ser avaliado.5 - Quais informações do controle de qualidade são fornecidas?As sequências de genes são confirmadas por sequenciamento de DNA e padrãode digestão em eletroforese. Apenas amostras com 100% de fidelidade sãoentregues.As informações fornecidas por e-mail são:- Cromatogramas de sequência cobrindo seu gene (eletrônico)
- Mapa de construção do plasmídeo (eletrônico)- Certificado de garantia de qualidade6 - O que é a otimização de códons? Qual a vantagem em otimizar?Cada organismo (bactéria, levedura,etc.) tem uma preferência de uso de códons.Os códons mais utilizados em um gene humano, por exemplo, podem ser rarosnas bactérias, e isso pode dificultar a expressão da proteína de interesse. Dessaforma, a otimização de códons é a alteração da sequência de codificação poruma sequência otimizada, ou seja, pelos códons “preferidos” pelo organismo queirá produzir a proteína. A otimização tem como vantagem aumentar a eficiênciada expressão protéica e, consequentemente, o rendimento da proteínaexpressa. É possível também que seja realizado a otimização de códons para 2organismos diferentes.7 - Qual a diferença entre síntese de oligonucleotídeo e síntese de genes?A síntese de oligonucleotídeo gera DNA fita simples com tamanho limitado,normalmente até 180 bases. Além disso, oligos não são clonados em vetores. Asíntese de genes permite que a sequência tenha 20Kb, ou mais, é uma síntesede fita dupla e clonada em um vetor de sua escolha. A entrega em vetoresgarante que você possa obter novas preparações em seu laboratório.8 - Qual o comprimento máximo que um gene pode ter para ser sintetizado?Embora o método de síntese gênica não tenha limites teóricos, genes maislongos requerem um planejamento cuidadoso, tempo de manufatura maisdemorado e, às vezes podem ser muito difíceis de sintetizar. Aconselhamos nãosintetizar mais que 10kb de comprimento. Entretanto, a FastBio já entregougenes maiores que 11kb.9 - Quais são as aplicações da síntese gênica?A síntese de genes tem uma variedade de aplicações, incluindo a criação debibliotecas especializadas de cDNA, produção em larga escala de cDNA prontopara microarray, desenho de vetores de terapia gênica, síntese de variantesgênicas, além de estudos de expressão de proteínas.10 - Se eu não tiver a sequência, você pode sintetizar o gene para mim?Não. Precisamos da sequência polinucleotídica ou polipeptídica para sintetizar
um gene. Se você souber o nome e a origem do gene que deseja, mas não asequência completa, poderá procurá-lo no banco de dados GenBank através dosite https://www.ncbi.nlm.nih.gov/11 - Quais são os passos no processo de síntese de genes?As etapas na síntese de genes incluem a concepção e síntese de oligos,montagem de oligos para obter genes completos, correção de mutações econfirmação da sequência. Saiba mais sobre os desafios e técnicas usadas paraa síntese de genes baixando o manual.12 - Você pode usar a síntese genética para concluir meu clone parcial?Sim. Contanto que você tenha a sequência, pode-se sintetizar a extremidade 5’ou a extremidade 3' do gene e ligá-lo ao seu clone parcial para obter o genecompleto.13 - Vocês fornecem serviços de expressão de proteínas para genes queforam otimizados?Sim. Fornecemos serviços de expressão e purificação de proteínas utilizandodiversos sistemas: bactérias, leveduras, baculovírus e células de mamíferos.14 – É melhor realizar uma modificação genética ou sintetizar um gene?Se são modificações por todo o gene, ou em grande parte dele, é maiseconômico realizar uma síntese gênica completa, pois você pode otimizar outrascaracterísticas além das modificações, como uso de códons e sítios de restrição.A modificação genética é preferível se forem poucas ou agrupadas em umapequena parte do gene.15 – Vocês sintetizam genes “difíceis”?Nossos parceiros possuem uma vasta experiência em síntese de genescomplexos. Eles possuem uma plataforma que permite produzir genes com altoconteúdo de GC, elementos repetitivos ou bases degeneradas. A FastBio operadesde 2011, e não houve síntese solicitada que não fora entregue.16 – Como posso solicitar um orçamento?Para solicitar o orçamento para Síntese de genes entre em nossa s), clique em “Solicite orçamento”,
preencha o formulário para síntese de gene (Passo 1), preencha com seusdados o formulário no passo 2, anexe o formulário preenchido previamente eenvie-nos. Nosso prazo de resposta é um dia útil. Ou entre em contato atravésdo e-mail: [email protected] ou [email protected]; telefone: (16)3315-9967; Whatsapp: (16) 99382-4579.Fonte: Disponível em:https://www.biomatik.com/content/service docs/gene synthesis faqs.pdfDisponível em:https://www.genscript.com/faq?category custom gene synthesis#1?src leftbar
ou a extremidade 3' do gene e ligá-lo ao seu clone parcial para obter o gene completo. 13 - Vocês fornecem serviços de expressão de proteínas para genes que foram otimizados? Sim. Fornecemos serviços de expressão e purificação de proteínas utilizando diversos sistemas: bactérias, leveduras, baculovírus e células de mamíferos.
